ড. আহমেদ কায়কাউস ২০১৯ সালের২৯ ডিসেম্বর প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার মুখ্য সচিব হিসেবে যোগ দেন। এর আগে ২০১৬ সালের ১৫ ডিসেম্বর বিদ্যুৎ, জ্বালানি ও খনিজ সম্পদ মন্ত্রণালয়ের বিদ্যুৎ বিভাগে ভারপ্রাপ্ত সচিব হিসেবে যোগদান করেন। ২০১৭ সালের ২৩ ফেব্রুয়ারি পদোন্নতি পেয়ে তিনি একই বিভাগের সচিব হন।

যুক্তরাষ্ট্রের ম্যাসাচুসেটস অঙ্গরাজ্যের উইলিয়ামস কলেজ থেকে ডেভেলপমেন্ট ইকোনমিকসে মাস্টার্স ডিগ্রি অর্জন করেন আহমেদ কায়কাউস। পরে যুক্তরাষ্ট্রের টেক্সাস বিশ্ববিদ্যালয় থেকে পাবলিক পলিসি অ্যান্ড পলিটিক্যাল ইকোনমির ওপর পিএইডি ডিগ্রি অর্জন করেন তিনি।

ড. আহমেদ কায়কাউস ১৯৮৬ সালের ২১ জানুয়ারি ৮৪ ব্যাচের কর্মকর্তা হিসেবে বাংলাদেশ সিভিল সার্ভিসে যোগ দেন। তিনি সহকারী কমিশনার, উপজেলা ম্যাজিস্ট্রেট ও উপজেলা নির্বাহী কর্মকর্তা (ইউএনও) হিসেবে কাজ করেছেন। 

মাদকদ্রব্য নিয়ন্ত্রণ বিভাগ, ডাক ও টেলিযোগাযোগ মন্ত্রণালয়, অর্থনৈতিক সম্পর্ক বিভাগেও কাজ করেছেন আহমেদ কায়কাউস। তিনি বাংলাদেশ জ্বালানি ও বিদ্যুৎ গবেষণা পরিষদের (ইপিআরসি) চেয়ারম্যান ছিলেন। বর্তমানে কোল পাওয়ার জেনারেশন কোম্পানি বাংলাদেশের (সিপিজিসিবিএল) চেয়ারম্যান।