ছাত্রজীবন থেকেই শেখ মণি রাজনীতির সঙ্গে জড়িত ছিলেন। ছাত্র রাজনীতি করার সময়ে তিনি ছিলেন সাধারণ শিক্ষার্থীদের প্রাণের স্পন্দন। সাধারণ শিক্ষার্থীদের অধিকার আদায়ে তিনি বারংবার অন্যায়ের প্রতিবাদ করেছেন।
৬০ এর দশকে বঙ্গবন্ধুর নির্দেশেই আন্ডারগ্রাউন্ড রাজনীতি শুরু করেন শেখ মণি। তখন আইয়ুব খানের সামরিক শাসনের কারণে রাজনীতি নিষিদ্ধ ছিল। আইয়ুব-মোনায়েম খান তাঁকে ব্যক্তিগতভাবে অন্যতম বড় শত্রু বিবেচনা করতেন।
আইয়ুব খানের সামরিক শাসনের ফলে রাজনীতিতে বড় ধরনের আঘাত আসে। অর্থাৎ ১৯৬০ থেকে ১৯৬৩ সাল এই তিন বছরের মধ্যে আড়াই বছরই প্রকাশ্য রাজনীতি নিষিদ্ধ ছিল। তাই দলকে শক্তিশালী করতে গোপন রাজনীতির বিকল্প ছিল না। বঙ্গবন্ধুর নির্দেশে তিনি গোপন রাজনীতি শুরু করেন।