একাত্তরে মুক্তিযুদ্ধের সময় জামায়াতে ইসলামীর ভূমিকা এবং জাতির কাছে ক্ষমা চাওয়ার প্রশ্নে মতবিরোধের জেরে দলটির সংস্কারপন্থীরা চাপে পড়েছেন। সংস্কারের পক্ষে থাকা দলের কেন্দ্রীয় সহকারী সেক্রেটারি জেনারেল আবদুর রাজ্জাক পদত্যাগের পর সাবেক কেন্দ্রীয় মজলিশে শুরার সদস্য মুজিবুর রহমানকে (মঞ্জু) বহিষ্কার করা হয়েছে। আবার, জামায়াতকে স্বাধীনতাবিরোধী দল উল্লেখ করে পদত্যাগ করেছেন দিনাজপুরের এক জামায়া