কেএনএফ শুরুতে পাহাড়ে নতুন রাজ্যের দাবি থেকে সরে এসে এখন কেটিসির মতো স্বায়ত্বশাসিত প্রতিষ্ঠান চায়। এমন মৌলিক একাধিক দাবির ক্ষেত্রে পরিবর্তন হলেও একটি বিষয়ে তাদের অবস্থানের ক্ষেত্রে কোনো পরিবর্তন হয়নি, তাহলো জেএসএস এবং আঞ্চলিক পরিষদ বিরোধিতা। পাহাড়ের প্রথম রাজনৈতিক দল জেএসএসের প্রতি তাদের বিদ্বেষ আগে যেমন ছিল এখনও তেমন আছে। সেই সঙ্গে আছে আঞ্চলিক পরিষদ ও চাকমা বিদ্বেষ।
পার্বত্য চট্টগ্রাম চুক্তির মাধ্যমে পাহাড়ে বিশেষ দুই প্রতিষ্ঠান আঞ্চলিক পরিষদ ও তিন জেলা পরিষদ গঠিত হয়। বাংলাদেশের স্থানীয় সরকার প্রতিষ্ঠানগুলোর মধ্যে এই দুই প্রতিষ্ঠান বিশেষ বলে মনে করেন স্থানীয় সরকারের বিশেষজ্ঞরা। কিন্তু পার্বত্য চুক্তির সম্পাদন প্রক্রিয়া সহজে হয়নি। দেশের মধ্যেই এর প্রবল বিরোধিতায় নামে তৎকালীন বিরোধী দল বিএনপি ও জামায়াতে ইসলামী।
এর ফলে পাহাড় হাতছাড়া হয়ে যাবে বলেও ভয় দেখায় ওই দলগুলো। পুনর্বাসিত বাঙালিদের অনেকে চুক্তির বিরোধিতা করে। পাহাড়িদের একটি অংশ ইউনাইটেড পিপলস ডেমোক্রেটিক ফ্রন্ট (ইউপিডিএফ) নাম দিয়ে চুক্তির বিরোধিতা করে এবং ‘পূর্ণাঙ্গ স্বায়ত্তশাসনের’ দাবি করে। এসব বিরোধিতার পরও চুক্তি হয়। চুক্তির পর ২০০১ সালে বিএনপি-জামায়াত ক্ষমতায় এলেও সেই চুক্তি কিন্তু বাতিল করেনি।