মোংলা বন্দর চালুর ৫৯ বছর পরও খুলনা থেকে পরিচালিত হচ্ছে এর শুল্ক গোয়েন্দা শাখার কার্যক্রম। এ নিয়ে ভোগান্তির অভিযোগ করেছেন ব্যবসায়ীরা। কাস্টমস কর্তৃপক্ষ বলছে, দপ্তর পরিবর্তনের উদ্যোগ কেউ গ্রহণ না করায় খুলনা থেকেই কার্যক্রম চালাচ্ছেন তারা। ১৯৫০ সাল থেকে সমুদ্রপথে পণ্য রপ্তানির মাধ্যমে শুরু হয় মোংলা বন্দরের কার্যক্রম, যা পরিচালনা করা হয় খুলনা থেকে।