মঠবাড়িয়া উপজেলা ছাত্রলীগের মধ্যে অভ্যন্তরীণ কোন্দল রয়েছে। এক পক্ষের নেতৃত্বে রয়েছেন উপজেলা ছাত্রলীগের সভাপতি শরিফুল ইসলাম, আরেক পক্ষের নেতৃত্ব দিচ্ছেন উপজেলা ছাত্রলীগের সাবেক সাধারণ সম্পাদক ও উপজেলা ভাইস চেয়ারম্যান আরিফুর রহমান।