১৯৬২ সাল। হামিদুর রহমান শিক্ষা কমিশনের বিরুদ্ধে শুরু হয় তীব্র আন্দোলন। তৎকালীন পাকিস্তানের গভর্নর মোনায়েম খান সিদ্ধান্ত নিলেন জগন্নাথ কলেজের ডিগ্রি শাখাকে স্থানান্তর করা হলে আন্দোলন দুর্বল হয়ে পড়বে। আন্দোলনরত ছাত্র সমাজ বিচ্ছিন্ন হয়ে পড়বে। কারণ তৎকালীন ছাত্র আন্দোলনের কেন্দ্রবিন্দু ছিল জিন্নাহ কলেজ। সেই সিদ্ধান্ত মোতাবেক ১৯৬৮ সালে মহাখালীর ডিআইটি খাদ্য গুদাম হিসেবে পরিচিত একটি ভবনে জগন্নাথ কলেজের ডিগ্রি শাখাকে স্থানান্তর করে নামকরণ করা হয় জিন্নাহ কলেজ।