ড. মো. জাফর উদ্দীন চলতি বছরের ১ আগস্ট যুব ও ক্রীড়া মন্ত্রণালয়ে সচিব পদে যোগ দেন। এর আগে তিনি একই মন্ত্রণালয়ে ভারপ্রাপ্ত সচিব পদে যোগ দেন। এেই পদে যোগ দেওয়ার আগে তিনি অর্থ বিভাগে অতিরিক্ত সচিব (বাজেট ও সামষ্টিক অর্থনীতি) হিসেবে কর্মরত ছিলেন। তিনি বাংলাদেশ সিভিল সার্ভিসের একজন সদস্য।