আবু মোজাফফর মহিউদ্দিন মোহাম্মদ আওরঙ্গজেব চৌধুরী ১৯৭৮ বাংলাদেশ নৌবাহিনীতে যোগ দেন।তিনি ন্যাশনাল ডিফেন্স কলেজ থেকে এনডিসি এবং ক্যাপস্টোন কোর্স সম্পন্ন করেছেন। এখন ইউনিভার্সিটি অব প্রফেশনালস থেকে পিএইচডি করছেন।

কর্মজীবনে আওরঙ্গজেব চৌধুরী বিভিন্ন ঘাঁটিসহ নৌসদরে নৌ-সচিব ও বিভিন্ন পরিদপ্তরে পরিচালক, ফ্রিগেটসহ বিভিন্ন জাহাজের অধিনায়ক, মেরিন একাডেমির কমান্ডেন্ট, মেরিন ফিশারিজ একাডেমির অধ্যক্ষের দায়িত্ব পালন করেছেন।