বাংলাদেশ অংশে তিস্তা নদী শুকিয়ে অনেকটা মরা খালে পরিণত হয়েছে। পর্যাপ্ত পানি না থাকায় সংকটে পড়েছে দেশের বৃহত্তম তিস্তা ব্যারাজ সেচ প্রকল্প। সেচের লক্ষ্যমাত্রার ৫০ শতাংশও পূরণ করা সম্ভব হচ্ছে না। এতে ১৫ হাজার কোটি টাকার এই প্রকল্পের সেচসুবিধা থেকে বঞ্চিত নীলফামারী, রংপুর ও দিনাজপুর জেলার লাখো কৃষক। দ্বিগুণ খরচে বিকল্প উপায়ে খেতে সেচ দিতে হচ্ছে।
পাউবো সূত্র বলছে, তিস্তা ব্যারাজের উজানে ১০০০-১৫০০ কিউসেক পানি পাওয়া যাচ্ছে। তবে ব্যারাজের ভাটিতে প্রায় ১১০ কিলোমিটার তিস্তায় ১০০ কিউসেক পানিও সরবরাহ নেই।