ইন্টার–সার্ভিসেস ইন্টেলিজেন্স (আইএসআই) মহাপরিচালক নিয়োগ নিয়ে পাকিস্তানের রাজনৈতিক অঙ্গনে বিতর্ক দেখা দিয়েছে। আইএসআই প্রধান নিয়োগের ব্যাপারটি বরাবরই দেশটির আলোচনার কেন্দ্রে থাকে। তবে সম্প্রতি আইএসআই মহাপরিচালক নিয়োগের বিষয় নিয়ে বেসামরিক ও সামরিক নেতৃত্বের মধ্যে বিতর্ক দেখা দিয়েছে।
প্রতিরক্ষা বিশেষজ্ঞদের মতে, আইএসআই প্রধান নিয়োগের পদ্ধতি সংবিধান বা সামরিক আইনে উল্লেখ করা হয়নি। অতীতের সব নিয়োগ ঐতিহ্য অনুসারে করা হয়েছিল। এ প্রক্রিয়ায় সেনাপ্রধান প্রধানমন্ত্রীর কাছে তিনটি নাম প্রস্তাব করেন। তারপর চূড়ান্ত সিদ্ধান্ত নেন প্রধানমন্ত্রী।