দেশের স্থল ও সমুদ্র বন্দর দিয়ে আমদানি-রপ্তানি কার্যক্রম অনলাইনে পরিচালনায় এনবিআরের অটোমেশনে সার্ভার সমস্যা দূর হয়নি। ফলে চট্টগ্রাম বন্দরকে ঘিরে আমদানি-রপ্তানি কার্যক্রমে কাঙ্ক্ষিত সুবিধা থেকে দীর্ঘদিন ধরে বঞ্চিত বন্দর ব্যবহারকারী সংস্থাসমূহ।
সময়ক্ষেপণ ও সার্ভারের জটিলতা চট্টগ্রাম বন্দরের ব্যবসায়ী ও রাজস্ব আদায়কারী প্রতিষ্ঠান চট্টগ্রাম কাস্টমস হাউজের জন্যও আর্থিক ক্ষতির কারণ বলে সংশ্লিষ্ট সবার অভিমত। সরাসরি যে ক্ষতির কথা বন্দর ব্যবহারকারী ব্যবসায়ীরা বলছেন, সেটি হলো সার্ভার সমস্যা। গত প্রায় এক যুগ ধরে চলছে। এখন এটি আরো প্রকট হয়েছে। ফলে চট্টগ্রাম বন্দর দিয়ে আমদানি-রপ্তানি পণ্যের শুল্কায়নে ও রাজস্ব আদায়ে অনেক সময় লাগছে।