ফুটবলার হিসেবে নয়, ফুটবলাঙ্গণে তিনি সাফল্য পেয়েছেন কোচ হিসেবে। কোচিং ক্যারিয়ারের শুরুতেই মোহামেডানকে ফেডারেশন কাপ, কোটি টাকার সুপার কাপ এনে দেয়া, শেখ রাসেল ক্রীড়া চক্রকে ট্রেবলও এনে দিয়েছেন। বলা যায়, ক্লাব ফুটবলে সব সাফল্যই পেয়েছেন তিনি।

২০১৫ সালে উয়েফা ‘এ’ কোচিং লাইসেন্স পান মারুফ। সাফ চ্যাম্পিয়নশিপের ঠিক আগে দিয়ে কোচশূন্য হয়ে পড়েছিল জাতীয় ফুটবল দল। সে সময় মারুফুল হকের কাঁধেই কোচের দায়িত্ব তুলে দেয় বাফুফে। তবে সাফ চ্যাম্পিয়নশিপে বাংলাদেশ ফুটবলের দলের ব্যর্থতার পর সরে দাঁড়ান তিনি।