প্রথম তদন্তে অভিযোগের যেন কোনো কমতি ছিল না। হত্যা, নির্যাতন কিংবা লুটপাটের মতো গুরুতর সব অপরাধের অভিযোগ আনা হয়েছিল আসামিদের বিরুদ্ধে। তবে, পর্যাপ্ত সাক্ষ্য-প্রমাণ বা প্রাথমিক উপাদান না থাকায় আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল নিজেই মামলাটি অধিকতর (পুনরায়) তদন্তে পাঠানোর নির্দেশ দেন। আর সেই পুনর্তদন্তেই বদলে যায় পুরো চিত্র।
দ্বিতীয় তদন্ত প্রতিবেদনে উঠে আসে, দুটি প্রধান অভিযোগের কোনোটিরই প্রাথমিক সত্যতা পাওয়া যায়নি। তা সত্ত্বেও থেমে থাকেনি বিচারপ্রক্রিয়া; বরং প্রথম তদন্তে আনা অভিযোগের ভিত্তিতেই গঠন করা হয় আনুষ্ঠানিক চার্জ (অভিযোগ), শুরু হয় বিচার এবং নির্ধারণ করা হয় সাক্ষ্যগ্রহণের দিন-তারিখও। একাত্তরের মানবতাবিরোধী অপরাধের একটি মামলায় দুই তদন্ত প্রতিবেদনে এমন আকাশ-পাতাল ব্যবধানের নথিপত্র এসেছে ঢাকা পোস্টের হাতে।