প্রতিষ্ঠার ৪৭ বছরে এসে স্বকীয় চরিত্র হারিয়ে দেশের আর দশটা সাধারণ পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয়ের মতোই পরিচালিত হচ্ছে কুষ্টিয়ার ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয় (ইবি)। ১৯৭৭ সালে শহীদ রাষ্ট্রপতি জিয়াউর রহমানের নির্দেশে গঠিত ‘ইসলামিক ইউনিভার্সিটি কমিটি’র (বারী কমিশন) প্রস্তাবিত মূল আদর্শ, পাঠ্যক্রম ও লক্ষ্য-উদ্দেশ্য থেকে প্রতিষ্ঠানটি পুরোপুরি বিচ্যুত হয়েছে বলে মনে করছেন সংশ্লিষ্ট গবেষক ও শিক্ষাবিদরা।
ক্রমাগত আদর্শিক বিচ্যুতি, রাজনৈতিক বলয় এবং ইসলামিয়াতবিহীন পাঠক্রমের কারণে একসময়ের ওআইসি পৃষ্ঠপোষকতার বৈশ্বিক সম্ভাবনা হারিয়ে বিশ্ববিদ্যালয়টি এখন আন্তর্জাতিক র্যাংকিংয়েও জায়গা করে নিতে ব্যর্থ হয়েছে।