বোরোসহ অন্যান্য ফসল উৎপাদনে কৃষকের বড় একটি খরচ যায় সেচের পেছনে। শ্যালো ইঞ্জিন বা বৈদ্যুতিক পাম্পে ভূগর্ভস্থ পানি তুলে প্রতি একর জমিতে সেচ দিতেই প্রায় ১৫ হাজার টাকা চলে যায়। কিন্তু তিস্তা সেচ প্রকল্পের আওতায় নদীর পানি ব্যবহার করে একই পরিমাণ জমিতে সেচ দিতে কৃষকের খরচ হচ্ছে মাত্র ৪৮০ টাকা।
শুধু সেচের পানিই নয়, নদীর পানি ব্যবহারে কৃষকের সার ও কীটনাশকের খরচও অনেকাংশে কমে গেছে। কারণ, খালের মাধ্যমে আসা নদীর পানির সঙ্গে প্রচুর পলিমাটি থাকে। এই মাটি প্রাকৃতিকভাবেই জমির উর্বরতা বাড়ায়। নামমাত্র খরচে সেচ এবং সার-কীটনাশকের ব্যয় কমার কারণে এই প্রকল্প উত্তরাঞ্চলের কৃষিতে বড় ধরনের ইতিবাচক পরিবর্তন এনেছে। বর্তমানে ছয় জেলার প্রায় সোয়া লাখ কৃষক এই সুবিধা পাচ্ছেন।