পরিবর্তিত রাজনৈতিক প্রেক্ষাপটে দলের সাংগঠনিক কাঠামো পুনর্বিন্যাস করেছে বাংলাদেশ জামায়াতে ইসলামী। তিন স্তরের নীতিনির্ধারণী পর্ষদ কেন্দ্রীয় মজলিশে শুরা, কর্মপরিষদ ও নির্বাহী পরিষদে সদস্যসংখ্যা বাড়ানো হয়েছে। সংশ্লিষ্ট ব্যক্তিরা বলছেন, নতুন কাঠামোয় পুরোনো রক্ষণশীল ধারার নেতা ও নতুন প্রজন্মের প্রতিনিধিদের একসঙ্গে যুক্ত করা হয়েছে। অপেক্ষাকৃত তরুণ নেতাদের সামনে নিয়ে আসার চেষ্টা করেছে জামায়াত।
পুনর্গঠনের বিশেষ দিক হলো নায়েবে আমির পদে এ টি এম আজহারুল ইসলামকে ১ নম্বরে রাখা। একাত্তরে মানবতাবিরোধী অপরাধের মামলায় প্রায় ১৩ বছর কারাবন্দী থাকার পর মৃত্যুদণ্ডাদেশপ্রাপ্ত এই নেতা ৫ আগস্টের পটপরিবর্তনের পর খালাস ও মুক্তি পান। গত বছরের ২৩ নভেম্বর কেন্দ্রীয় মজলিশে শুরার প্রথম অধিবেশনে তাঁকে নায়েবে আমির করা হয়। আগে নায়েবে আমির ছিলেন তিনজন—মজিবুর রহমান, সৈয়দ আবদুল্লাহ মুহাম্মদ তাহের ও আ ন ম শামসুল ইসলাম। এবার চারজনকে নায়েবে আমির করা হয়।