মসজিদটি মদিনা শহরের পশ্চিম প্রান্তে খালিদ বিন ওয়ালিদ সড়কে অবস্থিত কিবলাতাঈন মসজিদ, মানে দুই কেবলার মসজিদ। বনু সালামা অঞ্চলে হওয়ার সুবাদে এই মসজিদের প্রথম নাম ছিল ‘মসজিদে বনু সালামা’।
মসজিদে কিবলাতাইন ইতিহাসের এক ঐতিহাসিক ঘটনার সাক্ষী। এই মসজিদে নামাজ আদায়ের সময় কেবলা বদলের আদেশ দেওয়া হয়। নামাজ পড়তে দাঁড়িয়ে ওহি পাওয়ার পর নবীজি (সা.) মসজিদে আকসার দিক থেকে মুখ ঘুরিয়ে কাবামুখী হন এবং বাকি নামাজ শেষ করেন। প্রথমে কিবলা ছিল মসজিদে আকসা, সবাই সেদিকে ফিরে নামাজ পড়তেন। এ সময় পরে কাবা শরিফকে কিবলা নির্ধারণ করা হয়। তাই এই মসজিদকে দুই কেবলার মসজিদ বলে।