কোটা সংস্কার আন্দোলন ঘিরে হতাহতদের বড় একটি অংশকে নেয়া হয় রাজধানীর শহীদ সোহরাওয়ার্দী মেডিকেল কলেজ হাসপাতালে। প্রতিষ্ঠানটির সর্বশেষ হিসাব অনুযায়ী, হাসপাতালে মোট ৪৯ জনের মৃত্যু রেকর্ডভুক্ত করা হয়। তবে জুলাই ও আগস্টে হতাহতের দিনগুলোয় হাসপাতালে যারা দায়িত্ব পালন করেছেন তাদের ভাষ্য, মৃতের সংখ্যা ১০০-১৫০ হবে। এক্ষেত্রে হাসপাতাল কর্তৃপক্ষ মৃতের প্রকৃত তথ্য গোপন করেছে বলে অভিযোগ তুলেছেন এ চিকিৎসা কেন্দ্রের অনেক শিক্ষানবিশ চিকিৎসক। 

কোটা সংস্কার আন্দোলনের সময় সোহরাওয়ার্দী হাসপাতালে সবচেয়ে বেশি হতাহত আসতে শুরু করে ১৮ জুলাই থেকে। সেই সময়কার পরিস্থিতি নিয়ে বণিক বার্তার এ প্রতিবেদকের সঙ্গে কথা হয় ১০ চিকিৎসকের।