যদিও প্রাইভেসি টেলিগ্রাম অ্যাপের বড় বিজ্ঞাপন। তবে সর্বোচ্চ প্রাইভেসি চাইলে টেলিগ্রাম নিয়ে কিছু কনসার্ন আছে। যার মধ্যে আছে বাই ডিফল্ট সব চ্যাট, এন্ড-টু-এন্ড এনক্রিপশনের বদলে সার্ভার-সাইডে এনক্রিপ্টেড থাকে। ব্যতিক্রম হলো সিক্রেট চ্যাট, যা এন্ড-টু-এন্ড এনক্রিপশন ব্যবহার করে। তাই তুলনামূলক বেশি সিকিউরড মেসেজিংয়ের জন্য সিক্রেট চ্যাট ফিচারটি ব্যবহার করা যেতে পারে।
মূলত টেলিগ্রাম ক্লাউডভিত্তিক হলেও সিক্রেট সব চ্যাট ক্লাউডে সংরক্ষণ থাকে না। তাই যে ডিভাইসে সিক্রেট চ্যাট করা হবে, তা বাদে অন্য কোনো ডিভাইস বা ওয়েবে টেলিগ্রামে লগইন করলে সাধারণ সব চ্যাট পাওয়া গেলেও সিক্রেট চ্যাটগুলো পাওয়া যাবে না। ডিভাইস থেকে হারিয়ে গেলে তা ক্লাউড থেকে রিকভার করার সুযোগ থাকে না।