মাঝে মধ্যেই নিখোঁজ বা গুমের অভিযোগ ওঠে রাষ্ট্রীয় বাহিনীর বিরুদ্ধেও। বিশেষ করে সরকার রাজনৈতিকভাবে বিপজ্জনক মনে করে, প্রতিপক্ষ রাজনৈতিক দলের এমন নেতাকর্মী কিংবা বড় কোনো অপরাধের সঙ্গে সংশ্লিষ্টতা থাকতে পারে কিন্তু তার বিরুদ্ধে অপরাধ প্রমাণ করা ও প্রচলিত বিচার ব্যবস্থায় তার শাস্তি নিশ্চিত করা জটিল বা অসম্ভব অথবা যার কাছে অনেক গোপন তথ্য থাকতে পারে যা রাষ্ট্রের নিরাপত্তা ও সার্বভৌমত্বের জন্য হুমকি— এমন অনেককে রাষ্ট্রীয় বাহিনী তুলে নিয়ে যায় বলে অভিযোগ রয়েছে।
অভিযোগ রয়েছে, জিজ্ঞাসাবাদ শেষে মুচলেকা নিয়ে; কথা না বলার শর্তে; কথা বললে তার পরিবার-পরিজনের জীবন বিপন্ন হবে, এমন ভয় দেখিয়ে সাধারণত তাদেরকে ছেড়ে দেওয়া হয়। যে কারণে দেখা যায়, দীর্ঘদিন নিখোঁজ থাকার পরে যারা ফিরে আসেন বা যাদেরকে ফিরিয়ে দেওয়া হয়, তারা চুপ থাকেন। এ বিষয় নিয়ে খুব বেশি কথা বলেন না। সম্ভব হলে পুরোপুরি আড়ালে চলে যান। অনেককে হয়তো ধরে নেওয়ার কিছুদিন পরেই ছেড়ে দেওয়া হয়। অনেককে দীর্ঘদিন গোপন বন্দিশালায় আটকে রাখা হয়। অনেককে হত্যার পরে লাশ গুম করে ফেলা হয়।
এসব ঘটনা বা অভিযোগ শুধু বাংলাদেশে নয়, পৃথিবীর অনেক দেশেই হয়। তবে রাষ্ট্র কখনোই নাগরিকদের এভাবে ধরে নিয়ে গুম বা নিখোঁজ করে ফেলা অথবা কাউকে গোপন বন্দিশালায় আটকে রাখার কথা স্বীকার করে না। বরং যাদের সন্ধানে তাদের পরিবার দিনের পর দিন এখানে-ওখানে ধর্ণা দেয় বা যাদেরকে খুঁজে পাওয়া যায় না, তাদের অনেকেই গ্রেপ্তারের ভয়ে অথবা ব্যক্তিগত কারণে পালিয়ে আছেন বলে সরকারের তরফে ব্যাখ্যা দেওয়া হয়।
দেশি-বিদেশি বিভিন্ন মানবাধিকার সংগঠন বাংলাদেশের অন্যান্য রাষ্ট্রীয় অপরাধ, বিশেষ করে মানবাধিকার লঙ্ঘনের মধ্যে গুম নিয়েও নিয়মিত উদ্বেগ প্রকাশ করে। প্রতি বছর হিউম্যান রাইটস ওয়াচ, অ্যামনেস্টি ইন্টারন্যাশনালের মতো আন্তর্জাতিক এবং আইন ও সালিশ কেন্দ্রের মতো দেশীয় সংগঠনগুলো যে প্রতিবেদন প্রকাশ করে, সেখানেও বাংলাদেশের গুম নিয়ে উদ্বেগ প্রকাশ করা হয়। কিন্তু সরকার বরাবরই এসব অভিযোগ নাকচ করে এবং তাদের দাবি, রাষ্ট্রীয় বাহিনী কাউকে ধরে নিয়ে গোপনে আটকে রাখে না।