গণস্বাস্থ্যের প্রতিষ্ঠাতা ডা. জাফরুল্লাহ চৌধুরীর কথাবার্তা ও কর্মকাণ্ড নিয়ে বিএনপি নেতাকর্মীদের মধ্যে নানা সন্দেহ তৈরি হচ্ছে। দলটির শুভাকাঙ্ক্ষী হিসেবে পরিচিত এ ব্যক্তির সাম্প্রতিক কর্মকাণ্ড সন্দেহের চোখে দেখছে হাইকমান্ড। সরকারবিরোধী বৃহত্তর ঐক্যের পেছনে তিনি এখন বাধা হয়ে দাঁড়িয়েছেন বলেও মনে করা হচ্ছে। বিগত একাদশ জাতীয় সংসদ নির্বাচনের পর থেকে এ দূরত্ব তৈরি হয়। সদ্য নির্বাচন কমিশন গঠনকে কেন্দ্র করে তা চরমে পৌঁছায়।
সম্প্রতি নির্বাচন কমিশন গঠন প্রক্রিয়ায় জাফরুল্লাহর ভূমিকাকে সন্দেহের চোখে দেখতে শুরু করে বিএনপি।
বিশেষ করে সার্চ কমিটির আমন্ত্রণে গিয়ে সম্ভাব্য নাম দেওয়ার বিষয়টিকে তারা মেনে নিতে পারছেন না। তার নামের মধ্যে নবনিযুক্ত প্রধান নির্বাচন কমিশনার হাবিবুল আউয়ালের নামও ছিল। সার্চ কমিটিতে তার দেওয়া নাম নিয়ে সেসময় আওয়ামী লীগের পক্ষ থেকে বলা হয়, বিএনপি ডা. জাফরুল্লাহর মাধ্যমেই নির্বাচন কমিশনের জন্য তাদের পছন্দের নাম দিয়েছে। এরপর হাবিবুল আউয়ালকে প্রধান নির্বাচন কমিশনার হিসাবে নিয়োগ দেওয়ার পর ডা. জাফরুল্লাহ সন্তোষ প্রকাশ করেছেন।