মাঝখানে কয়েক বছর বিরতির পর পাকিস্তানের গোয়েন্দা সংস্থা ঢাকায় আবার সক্রিয় হয়ে উঠেছে বলে সরকারি সংস্থাগুলো মনে করছে। বিশেষ করে জঙ্গি–সম্পৃক্ততার অভিযোগে ২০১৫ সালে ঢাকায় পাকিস্তান হাইকমিশন থেকে দ্বিতীয় সচিব ফারিনা আরশাদ এবং ২০১৬ সালেজঙ্গি সংগঠন জেএমবির সঙ্গে লেনদেনের সময় আটক ভিসা কর্মকর্তা মাযহার খানকে প্রত্যাহারের পর আইএসআই নিজেদের লাগাম টেনে ধরেছিল।