মৌসুমি বায়ুর প্রভাবে ভারী বৃষ্টিপাত ও উজান থেকে নেমে আসা পাহাড়ি ঢলে সিরাজগঞ্জে যমুনা নদীর পানি বাড়ছেই। জেলার সব পয়েন্টেই যমুনার পানি বিপৎসীমার ওপর দিয়ে প্রবাহিত হচ্ছে। ফলে নিম্নাঞ্চল প্লাবিত হয়ে জেলার চার হাজার ৩৬২ হেক্টর জমির ফসল তলিয়ে গেছে। নদী ভাঙন ও পানি বৃদ্ধির ফলে অবনতি হচ্ছে জেলার বন্যা পরিস্থিতি।