প্রাতিষ্ঠানিক অনিয়মসহ দীর্ঘদিন থেকে দেশের বিভিন্ন শিক্ষাপ্রতিষ্ঠানে অর্থ আত্মসাৎ, নিয়োগ ও পদোন্নতি জালিয়াতি, উন্নয়ন প্রকল্পে দুর্নীতি, ভর্তি বাণিজ্য এবং স্বজনপ্রীতিসহ বিভিন্ন অভিযোগ রয়েছে শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান পরিচালনা কমিটির বিরুদ্ধে। দুর্নীতির অভিযোগে কমিটি ভেঙে দেওয়ার নজিরও দেখা গেছে হরহামেশা। পরিচালনা কমিটির দুর্নীতির কারণে অনেক শিক্ষক এবং প্রতিষ্ঠানপ্রধানের চাকরি গেলেও সংশ্লিষ্ট অভিযোগে কমিটির কোনও সদস্যের বিরুদ্ধে ব্যবস্থা নিতে পারেনি শিক্ষা মন্ত্রণালয়। এভাবেই চলছে বছরের পর বছর।