জিয়াউর রহমান ১৯৭৯ সালের ৯ জুলাই কুখ্যাত ইনডেমনিটি অধ্যাদেশকে আইনে রূপান্তর করেন। সেদিন সংবিধানের পঞ্চম সংশোধনীর মধ্যে দিয়ে তাঁর আমলে বঙ্গবন্ধুর খুনিদের বিচার বাধাগ্রস্ত করা হয়। ইনডেমনিটি অধ্যাদেশকে আইনে রূপান্তর করে জিয়া প্রমাণ করেছেন তিনি বঙ্গবন্ধুর হত্যাকারীদের রক্ষাকারী এবং এই হত্যার ষড়যন্ত্রের মূল কুশিলবদেরই একজন।