খুলনা বিশ্ববিদ্যালয়ের সিন্ডিকেট অবৈধ বলে অভিযোগ উঠেছে। এছাড়া অবৈধ সিন্ডিকেট সভায় নেওয়া সব ধরনের সিদ্ধান্তকেও অবৈধ বলা হচ্ছে। অনিয়ম-দুর্নীতি ধামাচাপা দিতে এবং ভিন্ন মত দমনের উদ্দেশ্যে তড়িঘড়ি করে অনিয়মের বৈধতা দিতে সিন্ডিকেটের সদস্য সংখ্যা বাড়ানো হয়েছে বলেও অভিযোগ আছে। বিশ্ববিদ্যালয়র মঞ্জুরী কমিশন বলছে, এ ঘটনার ফলে সিন্ডিকেটের নিরপেক্ষতা ও গ্রহণযোগ্যতা বিনষ্ট হয়েছে। আর সিনেট সদস্যরা বলছেন, নিয়ম বহির্ভূতভাবে গঠিত সিন্ডিকেটের সব সিদ্ধান্তই অবৈধ।