হেফাজতে ইসলাম বাংলাদেশের মরহুম আমির আল্লামা আহমদ শফী ও বর্তমান আমির আল্লামা জুনায়েদ বাবুনগরীর অনুসারীদের দ্বন্দ্ব এখন চরমে। আল্লামা শফীকে হত্যার অভিযোগে চট্টগ্রামের একটি আদালতে বাবুনগরী অনুসারী নেতা-কর্মীদের বিরুদ্ধে মামলা দায়েরের পর প্রকাশ্যে নেমেছেন দুই নেতার অনুসারীরা। তারা একে অপরকে প্রতিহত করার ঘোষণা দিয়েছেন। এই দ্বন্দ্বের প্রভাব পড়েছে কওমি অঙ্গনেও। ফলে পুরো দেশে বিভক্ত হয়ে পড়েছে কওমি মতাদর্শীরা। হেফাজতে ইসলামের সাংগঠনিক সম্পাদক আজিজুল হক ইসলামাবাদী বলেন, ‘হত্যার অভিযোগে যে মামলা দায়ের করা হয়েছে তা ভিত্তিহীন। আল্লামা শফীর মৃত্যুর আগে হাটহাজারী মাদরাসায় এ ধরনের ঘটনা ঘটেনি। এ মামলা নিয়ে আমরা বিচলিত নই। আইনিভাবে তা মোকাবিলা করা হবে। ষড়ন্ত্রকারীদেরও প্রতিহত করা হবে।’