রেললাইন নির্মাণের জন্য প্রতি ঘনমিটার মাটি ভরাটের কাজে সর্বোচ্চ ব্যয় হয় ৪০০ টাকা, কিন্তু চীন–বাংলাদেশ যৌথ উদ্যোগে (জিটুজি পদ্ধতি) রেললাইন নির্মাণের দুটি প্রকল্পে ওই কাজের জন্য ব্যয় ধরা হয়েছে ৮০০ টাকার বেশি। একইভাবে রেললাইন বসানো, পাথর, স্লিপারসহ বিভিন্ন সরঞ্জাম কিনতে অতিরিক্ত ব্যয় ধরে দুটি প্রকল্পের চূড়ান্ত অনুমোদনও নেওয়া হয়। তবে প্রকল্পের কাজ শুরু হওয়ার আগেই প্রধানমন্ত্রীর কার্যালয়ের উচ্চপর্যায়ের একটি তদন্ত কমিটি বাড়তি ব্যয়ের বিষয়টি চিহ্নিত করেছে। পরে দুটি প্রকল্প থেকে মোট ৪ হাজার ৮৫০ কোটি টাকা কমাতে নির্দেশ দিয়েছেন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা।