কৃষিতে বাংলাদেশের যেমন সফলতা ও সম্ভাবনা আছে তেমনি আছে বিভিন্ন চ্যালেঞ্জ। চ্যালেঞ্জগুলো হলো- কৃষি শ্রমিকের সংকট, কৃষিপণ্যের ন্যায্য মূল্যের অনিশ্চয়তা, সংগ্রহোত্তর অপচয়, কৃষিপণ্য সংরক্ষণ ও প্রক্রিয়াকরণ শিল্পের অভাব, পরিবহন ও সুষ্ঠু বাজারব্যবস্থাপনার অনুপস্থিতি, মধ্যস্বত্বভোগীদের দৌরাত্ম্য পুঁজি সংকট, জলবায়ু পরিবর্তনের প্রভাব, ক্ষুদ্র কৃষি জমি ও যান্ত্রিকীকরণের অপ্রতুলতা। এছাড়া রয়েছে মাত্রাতিরিক্ত রাসায়নিক সার ও বালাইনাশকের ব্যবহার, গুণগতমানের বীজের অভাব, কৃষির প্রতি তরুণ প্রজন্মের অনীহা, কৃষি বীমার ব্যবস্থা না থাকা, কৃষি জমি হ্রাস, কৃষি বিনিয়োগে অনাগ্রহ, ঋণ প্রদানে ব্যাংকগুলোর গড়িমসি এবং সরকার, বিশ্ববিদ্যালয়, গবেষণা প্রতিষ্ঠানের সাথে কৃষক ও বেসরকারি উদ্যোক্তাদের সমন্বয়ের ঘাটতির মতো বিষয়গুলো।