দুই প্রকল্পের সমন্বয়হীনতায় ক্ষতির মুখে পড়েছে ঢাকা-মাওয়া এক্সপ্রেসওয়ে। পদ্মা সেতু রেল সংযোগের নির্মাণ প্রকল্পের মাল ও বালিবাহী গাড়ির চলাচলে ইতোমধ্যে দেশের প্রথম ও ব্যয়বহুল এই এক্সপ্রেসওয়ের কিছু অংশ ক্ষতিগ্রস্ত হয়েছে। নির্মাণাধীন রেলপথের 'অ্যামবেঙ্কমেন্টে'র কারণে পানি নিস্কাশনের পথ রুদ্ধ হওয়ায় এক্সপ্রেসওয়ের