বেফাকের সিনিয়র কয়েকজন দায়িত্বশীলের ফোনালাপ নিয়ে সৃষ্ট জটিলতার প্রেক্ষিতে কয়েকজনকে বহিস্কার করা হয়েছে। তবে দেশের সবচেয়ে বড় বেসরকারি বোর্ডের সিনিয়র দায়িত্বশীলদের অনিয়ম ও অস্বচ্ছতার অভিযোগ রয়েছে বহু আগ থেকেই। ২০১৯ সালের কেন্দ্রীয় পরীক্ষার সময় প্রথমবারের মতো প্রশ্নপত্র ফাঁসের ঘটনা ঘটে। চল্লিশ বছরের বেশি বয়সী প্রতিষ্ঠানটি দোষীদের চিহ্নিত করতে পারলেও দৃষ্টান্তমূলক শাস্তির ব্যবস্থা করতে ব্যর্থ হয়। এরই মাঝে, সিনিয়র দায়িত্বশীলদের ফোনালাপের ঘটনা ছড়িয়ে পড়ে। এতে কওমি শিক্ষার্থীদের সঙ্গে সঙ্গে সাধারণ ধর্মপ্রাণ মানুষ প্রচণ্ডভাবে ধাক্কা খান।