পরিচালনার ক্ষেত্রে বিদ্যমান আইনের তোয়াক্কা না করার অভিযোগ উঠেছে দেশের বেশিরভাগ বেসরকারি বিশ্ববিদ্যালয়ের বিরুদ্ধে। জানা গেছে, সরকারের নির্দেশ উপেক্ষা করে এখনও ৩০টি বেসরকারি বিশ্ববিদ্যালয় অস্থায়ী ক্যাম্পাসে কার্যক্রম পরিচালনা করছে। এ ছাড়া নির্দেশনা থাকা সত্ত্বেও কোনো বিশ্ববিদ্যালয়ই দুই সেমিস্টার পদ্ধতি চালু করেনি; মানা হচ্ছে না শিক্ষার্থী ভর্তিতে অনুমোদিত আসন সংখ্যা। এমনকি ভিসি, প্রোভিসি ও কোষাধ্যক্ষ নিয়োগের বিধানও মানা হচ্ছে না। উল্লেখ্য, বিশ্ববিদ্যালয় পরিচালনার ‘অ্যাপেক্সবডি’ বিশ্ববিদ্যালয় মঞ্জুরি কমিশনের (ইউজিসি) ২০১৮ সালের কার্যক্রমের ওপর তৈরি বার্ষিক প্রতিবেদনে বেসরকারি বিশ্ববিদ্যালয়গুলোর আইন অমান্যের এসব তথ্য তুলে ধরা হয়েছে।