মানিকগঞ্জে ইছামতি নদী পুনখনন কাজে অনিয়মের অভিযোগ উঠেছে। স্থানীয়দের অভিযোগ, সীমানার বাইরে এসে ব্যক্তিমালিকানাধীন জমি কেটে নামানো হচ্ছে নদীতে। আবার খননকৃত মাটি জোরপুর্বক ফসলি জমির ওপর ফেলায় ব্যাপক ক্ষতির শিকার হচ্ছেন চাষিরা। এ নিয়ে ঠিকাদারের লোকজনের সাথে স্থানীয়দের প্রায়ই বাক-বিতন্ডা এবং হাতাহাতির ঘটনা ঘটছে।